El Programa Solidaridad se encuentra bajo la responsabilidad de la Coordinación del Gabinete de Políticas Sociales. En su estructura operativa, el Programa cuenta con una Dirección General que funciona a nivel central, teniendo a su cargo la responsabilidad de los procesos que se desarrollan desconcentrados territorialmente.

La Dirección General es asistida por una estructura técnica operativa a nivel central, que cuenta con siete Direcciones Técnicas, incluyendo el Sistema de Información de Solidaridad. A nivel territorial contienen diez Gerencias Regionales, las cuales integran un número determinado de supervisores generales, supervisores y enlaces comunitarios, distribuidos en toda la geografía nacional de acuerdo a la cantidad de familias beneficiarias.

El esquema organizativo de la estructura del programa Solidaridad se ilustra con el siguiente diagrama: